В 1990 году был образован Бадагуйский сельский совет народных депутатов. В 1993 году Нагалыксий сельский совет был преобразован в Нагалыкскую сельскую администрацию.
В 2003 году в связи с реформой местного самоуправления в Усть-Ордынском Бурятском автономном округе, Нагалыкская сельская администрация преобразована в муниципальное образование «Нагалык».